La Sororidad Mu Alpha Phi fue fundada el 24 de octubre de 1927 por un grupo de veinticinco estudiantes visionarias de la Universidad de Puerto Rico, Recinto de Río Piedras, constituyéndose como la pionera del movimiento sororitario en Puerto Rico. Desde sus inicios, estas mujeres se distinguieron por su firme compromiso con el desarrollo del liderazgo personal, la responsabilidad colectiva y el fortal-ecimiento de los lazos de hermandad y compañerismo entre mujeres universitarias. Las fundadoras pertenecían a la Facultad de Pedagogía y estuvieron encabezadas por Aida González, recono-cida como la principal fundadora de la Sororidad, junto a ella se encontraban Carmen Rosa Janer, Laura Muñoz, Emma Colón, María Padial, Carmen Belén Cruz, Alicia Rivero, Luz Vilá, María Luisa Márquez, Luz Vilariño, Georgina Pastor, Mercedes Fernández, Ramona Santana, Ligia Noya, María Antonieta Delgado, Laura Cesteros, Blanca Martorell, Dolores Gutiérrez de Arroyo, Encarnación Rodríguez, Celia Machese, Sofía Oronoz, Josefina Gutiérrez, Sara Irizarry, María Inés Dávila y Ana María Santana.
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Durante el proceso de fundación se seleccionaron las letras griegas Μ (Mu) y Α (Alpha), a las que posteriormente se incorporó Φ (Phi), quedando así definido el nombre que identifica a la Sororidad desde
sus orígenes. ​
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Ya establecidas como Sororidad, surge el primer capítulo, en el área de Rio Piedras, el cual para 1946 se le conocerá oficialmente como Capítulo Alpha. Para el 1930, con el propósito de garantizar la continuidad institucional más allá de la etapa universitaria, se organizó el "Capítulo Pasivo", unidad precursora del actual sistema de zonas, permitiendo así que las sororas graduadas permanecieran activas dentro de la Sororidad. Al cual luego, en el 1946, cono-ceremos oficialmente como Zona Alpha Alumnae.
 
La expansión institucional de la Sororidad se consolidó progre-sivamente mediante la creación de capítulos estudiantiles en dis-tintos centros universitarios. Comenzando con el Capítulo Beta, el cual fué fundado el 13 de septiembre de 1946, en el Colegio de Agricultura y Artes Mecánicas en 1946, destacándose entre sus primeras integrantes Delia González, Marta Bravo, Andreíta Martínez y Rochie Sabater.
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En junio de 1950, las hermanas de la hermandad de mujeres en la Universidad Católica de Santa María, más tarde llamada la Pontificia Universidad Católica de Puerto Rico, organizaron el Capítulo Gamma, Siendo su primera presidenta Betty Zapater de McConnie, este capítulo fue oficialmente reconocido como organización estudiantil en noviembre de 1955.
 
Posteriormente dado que la Sororidad seguia creciendo, y con el fin de asegurar una administración sólida, uniforme y visionaria, en 1950, se instituyó el Honorable Consejo Supremo (HCS), organismo rector de la Sororidad. Su primera presidenta fue Judith Mercader de Sifre. El HCS está compuesto por una presidenta, una tesorera y una secretaria, electas anualmente durante la Convención que se celebra cada mes de octubre, así como por las vicepresidentas de área, seleccionadas por sus respectivas áreas, y tiene la responsabilidad de dirigir los destinos de la Sororidad y servir de vínculo entre capítulos y zonas.
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Para 1959, un grupo de sororas que realizaban estudios en la Universidad Interamericana en San Germán dió vida al Capítulo Delta, presidido en sus inicios por Zuleima Soto, Vivian Seloce, Cuchi Gelpí, y con Laura González como primera secretaria, entre otras hermanas sororas.
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Años mas tarde, en el1962 se instituyó formalmente una de las tradiciones distintivas de la organización: el Brindis de la Sororidad Mu Alpha Phi, escrito por la sorora Magda Enid Bouet Graña, del Capítulo Alpha, y adoptado sin enmiendas como expresión simbólica de identidad institucional.
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En  el 1963,  se creó el Capítulo Epsilon en Arecibo, gracias al tras-lado y la iniciativa de un grupo de arecibeñas que se habían iniciado en el Capítulo Alpha de San Juan y que, al regresar a su ciudad, asumieron el compromiso de establecer la organización en Arecibo. Entre estas socias fundadoras se destacan Leila P. de Balaguer, primera presidenta, Andrea Martínez de López, María Mercedes S. de Mera, Estrellita García de Martínez, Katherine Domínguez de Morell, Luisa Cecilia Ruiz, Jackeline Bauzá, Emma Suárez, Doris A. López y Lolita Suárez de Campos, quienes sentaron las bases del Capítulo Épsilon y abrieron el camino para las generaciones futuras.